This book is a practical guide for biologists who use multiple sequence alignments (MSAs) for their data analysis and are looking for a comprehensive overview of the many different programs. Despite their important role in data analysis, there is uncertainty among researchers about exactly how MSA programs work - not to mention how and why the different analyzes lead to different results. Which program is the right one for evaluating my data and how can I ensure that I have drawn all relevant findings from the alignments? This book offers helpful explanations and background information without requiring extensive bioinformatics knowledge and slowly introduces the reader to the topic.In the first part of the book, the possible fields of application as well as the formats that are usually produced by MSA programs are described in detail. The central algorithms as well as the internal processes of the most common MSA programs of the past and the present are also explained in an uncomplicated manner in greater detail. The second part of the book is a detailed, data-based comparison between MSA programs, which is intended to help you decide which program to use for your next alignment.

Dieses Buch ist ein praktischer Ratgeber fur Biologinnen und Biologen, die Multiple Sequenzalignments (MSAs) fur ihre Datenanalysen verwenden und einen verstandlichen UEberblick uber die vielen verschiedenen Programme suchen. Trotz ihres wichtigen Stellenwertes in der Datenanalyse herrscht Unsicherheit unter den Forschenden wie MSA-Programme genau funktionieren - ganz zu schweigen davon, wie und warum die unterschiedlichen Analysen zu verschiedenen Ergebnissen fuhren. Welches Programm ist fur die Auswertung meiner Daten das richtige und wie kann ich sicherstellen, alle relevanten Erkenntnisse aus den Alignments gezogen zu haben? Dieses Buch bietet hilfreiche Erklarungen und Hintergrunde ohne grosse bioinformatische Vorkenntnisse vorauszusetzen und fuhrt die Leserinnen und Leser langsam in die Thematik ein.Im ersten Teil des Buches werden die moeglichen Einsatzfelder wie auch die Formate, die ublicherweise von MSA-Programmen produziert werden, im Detail beschrieben. Ebenso werden auf unkomplizierte Weise die zentralen Algorithmen sowie die inneren Ablaufe der gangigsten MSA-Programme der Vergangenheit und der Gegenwart in groesserer Detailtiefe erklart. Den zweiten Teil des Buches bildet ein ausfuhrlicher datenbasierter Vergleich zwischen MSA-Programmen, der als Entscheidungshilfe fur die Programmauswahl fur dein nachstes Alignment dienen soll.